47 περίπου χιλιόμετρα νοτιοδυτικά της πόλης των Χανίων, και πάνω από τον κεντρικό δρόμο που οδηγεί στο Ελαφονήσι, στα δυτικά του φαραγγιού των Τοπολίων, θα συναντήσετε το σπήλαιο της Αγίας Σοφίας που πήρε το όνομά του από το λιτό και γραφικό εκκλησάκι που βρίσκεται αριστερά από την είσοδό του.
Η είσοδος του σπηλαίου έχει άνοιγμα 25μ, ενώ το ύψος του φτάνει τα 20μ, καθιστώντας το πραγματικά τεράστιο και μέσα σε αυτό υπάρχουν δύο αίθουσες με διαφορετικό ύψος, με την επιφάνειά τους να κατακλύζεται από σταλακτίτες και σταλαγμίτες, το μέγεθος των οποίων στα τοιχώματα του σπηλαίου, φτάνει τα πέντε μέτρα.
Το σπήλαιο είχε μεγάλη σπουδαιότητα κατά την αρχαιότητα. Έχουν εντοπιστεί όστρακα της νεολιθικής, κλασικής και ρωμαϊκής περιόδου. Επίσης, έχει βρεθεί ένα πήλινο ειδώλιο που χρονολογείται από τον 4ο αιώνα π.Χ., καθώς και κεραμικά νεολιθικών, πρωτομινωϊκών, υστερομινωϊκών, κλασικών, ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων.
Το σπήλαιο της Αγίας Σοφίας είναι συνδεδεμένο με θρύλους, παραδόσεις και ιστορία, καθώς η παράδοση λέει πως όταν η «Πόλη» έπεσε στα χέρια των Τούρκων, το εικόνισμα της Σοφίας του Θεού έφυγε από τον περίλαμπρο Ναό του Ιουστινιανού και φθάνοντας στην ελεύθερη ακόμη τότε Κρήτη, κρύφτηκε σ’ αυτό το Σπήλαιο.
Το μετέφεραν Κρήτες εθελοντές πολεμιστές, που μετά την πτώση της Βασιλεύουσας και με πολλές απώλειες, πήραν το δρόμο της επιστροφής μαζί με το εικόνισμα.
Το εικόνισμα αυτό από τότε συμβολίζει την δύναμη της ψυχής του Γένους, που σκλαβωμένη και χτυπημένη στα τείχη του Βυζαντίου, πήγε να συνεχίσει την ελευθερία της στην Κρήτη.
Εκεί που βρέθηκε το εικόνισμα κτίστηκε το μικρό και απέριττο εκκλησάκι μέσα στο βράχο.
