Η Βασιλική του Αγίου Μάρκου, είναι ένα εξαιρετικής ομορφιάς κτίριο, στο κέντρο της πόλης του Ηρακλείου. Κτίστηκε το 1239 από τους Ενετούς, το 1303 καταστράφηκε από σεισμό, όμως αναστηλώθηκε άμεσα. Το 1669 μετατράπηκε σε τζαμί και το 1956 πήρε τη μορφή που έχει σήμερα.
Μετά την ανταλλαγή πληθυσμών το 1924, η βασιλική πέρασε αρχικά στην κατοχή της Εθνικής Τράπεζας και στη συνέχεια του δήμου Ηρακλείου και χρησιμοποιήθηκε ως κινηματογράφος. Ο μιναρές κατεδαφίστηκε το 1924. Το 1949 η Τομή Επιτροπή Τουρισμού Ηρακλείου (ΤΕΤΥ) πρότεινε τη χρηματοδότηση της αναστύλωσης του ναού, μαζί με άλλα μνημεία της πόλης. Στις αρχές της δεκαετίας του 1950 προτάθηκε στο δημοτικό συμβούλιο ο ναός να κατεδαφιστεί και στη θέση του να κατασκευαστεί δημοτικό θέατρο και μέγαρο του ταχυδρομείου, πρόταση η οποία εγκαταλείφθηκε μετά την αδυναμία εξασφάλισης χρηματοδότησης. Το 1954 το αρχαιολογικό συμβούλιο αποφάσισε τη διατήρηση του ναού και το 1956 άρχισε η αποκατάσταση της βασιλικής από την Εταιρία Κρητικών Ιστορικών Μελετών. Αυτή ήταν η παλαιότερη αναστήλωση μνημείου δυτικής αρχιτεκτονικής η οποία έλαβε χώρα στην Κρήτη. Η βασιλική είναι ένα από τα ελάχιστα κτίρια της Καθολικής Εκκλησίας που σώζονται στις κρητικές πόλεις.
Κατά τη διάρκεια της αποκατάστασης έγινε ανύψωση του μεσαίου κλίτους ώστε να επανέλθει στην αρχική μορφή του, με την κατασκευή οξυκόρυφων παράθυρων στο πλάι του, 12 σε κάθε πλευρά, απόφραξη διαφόρων ανοιγμάτων που είχαν δημιουργηθεί στους πλάγιους τοίχους του ναού και δημιουργία πέντε οξυκόρυφων παράθυρων στο βόρειο τοίχο, κατά αντιστοιχία με το νότιο, ανακατασκευή του προστώου, επίστρωση του δαπέδου του ναού με νέες πλάκες, κατασκευή επιχρισμάτων, επιδιόρθωση των βάσεων της εσωτερικής κιονοστοιχίας, μεταλλικών υελοστάσιων στα παράθυρα, κατασκευή θυρών και ενίσχυση του κτιρίου με σκυρόδεμα.
Μετά την ολοκλήρωση της αποκατάστασης το 1960, ο ναός χρησιμοποιείται ως δημοτική πινακοθήκη. Το 1961 φιλοξένησε το πρώτο διεθνές κρητολογικό συνέδριο, το οποίο πραγματοποιήθηκε υπό την αιγίδα της Εταιρίας Κρητικών Ιστορικών Μελετών. Φιλοξενεί εκθέσεις έργων τέχνης. Ανάμεσα στις εκθέσεις που έλαβαν χώρα στην βασιλική του Αγίου Μάρκου ξεχώρισαν οι εκθέσεις με έργα του Δομήνικου Θεοτοκόπουλου (1990), με έργα της Κρητικής Σχολής (1993) και με πορτραίτα Φαγιούμ (1998), οι οποίες συνοδεύτηκαν από διεθνή συνέδρια. Επίσης πολλοί ζωγράφοι έχουν εκθέσει έργα τους στην βασιλική, όπως οι Μαρία Φιοράκη, Λευτέρης Κανακάκις και Θωμάς Φανουράκης, Γιώργος Θωμά Γεωργιάδης, μεταξύ άλλων.
Στο εσωτερικό της υπάρχουν τάφοι των Ενετών δουκών του Χάνδακα, και στο εσωτερικό της φιλοξενεί την Δημοτική Πινακοθήκη του Δήμου Ηρακλείου.
Στην πινακοθήκη εκτίθενται κυρίως περιοδικές εκθέσεις διαφόρων καλλιτεχνών από την Κρήτη και από όλη την Ελλάδα, αλλά κατά περιόδους εκτίθενται και τα μόνιμα έργα ντόπιων ζωγράφων που έχουν γίνει δωρεά στην πινακοθήκη.
